抗日战争胜利后，中国人民热切盼望和平、民主,而反动派却逆历史潮流而动、悖历史规律而行,不断挑起事端，并于 1946 年 6月发动了全面内战。内蒙古地区各族人民在中国的领导下,奋起反击反动派对解放区的军事进攻,保卫、巩固和发展解放区。在绥蒙地区，广大军民在中国的领导下积极进行军事斗争，同时全力发展生产,开展减租减息和除奸反霸、建立民主政权,全力巩固了解放区;在绥远以东地区，自治运动联合会领导组建和发展了革命武装这些武装在打击军队和地方土匪,稳定地方秩序,建立巩固的解放区等方面发挥了及其重要的作用;在伊克昭盟,党组织根据中央西北局的工作部署,建立蒙汉支队并配合西北野战军作战,保卫和发展了伊克昭盟的解放区。
在解放战争中,处于西连西北、东接华北重要战略位置的绥蒙地区始终是国共双方争夺的重要地区。经过 1945 年 10 月至12月的平绥战役和 1946 年初的集宁争夺战,绥东、绥南地区的丰镇、集宁、陶林、和林格尔、凉城等地获得解放,国共双方以卓资山为界形成了对峙局面。绥蒙区委充分的利用有利形势,迅速领导恢复了绥东、绥南地区的党组织。军在大规模进攻失败后,开始对解放区实行逐步渐进的“蚕食”政策,在绥蒙地区挑起的小型武装冲突连续不断。军傅作义部在配合阎锡山部向晋西北地区发动进攻的过程中,不断“蚕食”绥东、绥南解放区。根据中央指示,绥蒙区委领导解放区军民多次粉碎军的进攻。1946 年2月至7月,绥蒙军区部队采取积极防御自卫、坚持阵地、寸土必争的方针,展开了激烈的反“蚕食斗争,驱逐军,收复了不少失地,巩固和扩大了解放区。在绥南收复了 80 多个被军抢占的村庄,并迫使清水河县的敌军不敢出动;在绥东,驱逐了驻红旗大庙、白银堂、白雁沟一线的军。
在反“蚕食”斗争间隙,绥蒙军区部队积极开展练兵运动，提高部队军事素质，并帮助地方政府建立民兵武装,积极扩充部队,准备应对大规模战争为坚持长期斗争,党在绥蒙地区坚持了“劳武结合”的方针,抓武装的同时不忘抓生产。由于长期战乱,绥蒙地区生产凋敝、人民生活贫困,发展生产、改善人民生活的任务迫切而艰巨。1945 年 10月 1日绥蒙区委发出《关于目前形势、任务与群众工作指示》,提出发动群众、开展清算、减租减息的工作任务。1946 年3月 15 日晋绥行署公布《新解放区特殊土地问题解决的方法》规定“凡敌伪组织侵占的私有土地应退回原主,凭借敌伪势力非法强占的公私土地应归还原土地所有者”。4月21日至27 日，绥蒙政府在丰镇召开了群众工作会议，对过去两个月的工作进行了总结,强调要深入发动群众,不搞包办代替,不急于求成,注意“劳武结合”,准备打击进犯敌人。为动员解放区人民全力发展生产,绥蒙区委和绥蒙政府还积极推动工商业及交通运输的恢复发展。绥蒙政府还领导恢复了原有的学校,举办了小学师资训练班,发展了教育事业。
绥蒙政府注重正确地处理民族关系,坚持团结对敌。绥蒙地区是蒙汉杂居地区，绥蒙区委和绥蒙政府对民族问题格外的重视。1945 年8 月,绥蒙政府在山西偏关举行政府机关工作会议,乌兰夫就怎么样开展蒙古族工作提出要求,指出要争取蒙古族上层人士,发动蒙古族群众,建立蒙古族武装，减轻蒙古族群众负担,建立各级蒙古族工作组织,宣传党的民族政策。根据乌兰夫的意见,从绥蒙政府到各地民主政权都切实加大了民族工作的力度。1945 年 12 月,绥蒙政府将绥东四旗和土默特旗、四子王旗等地作为开展民族工作的重点,派出李森、云治安、塔拉、李文精等一批蒙古族干部,协调与各旗少数民族代表人士的关系动员群众建立民族武装，在集宁成立了由李永年负责的绥东四旗办事处,开展民族工作。
1946年5月16日绥蒙政府发出《关于调整蒙汉关系加强民族团结的指示》,对蒙旗财产管辖、蒙旗汉民籍贯处理、蒙汉人民负担、土地纠纷、减租清算等问题作出明确规定。绥蒙政府派出干部深入到各旗开展工作,推动各项政策贯彻落实,团结各族人民为争取战争胜利而奋斗。5 月 20 日绥蒙政府发布《绥蒙区各蒙旗政府暂行条例》，对旗、苏木的组织机构、管理范围、组织程序等作出具体规定。为配合自治运动的开展、培养蒙古族革命骨干,绥蒙政府派出干部到各旗进行广泛的组织动员，分批选送蒙古族青年到绥蒙建国学院和内蒙古军政学院学习,为革命斗争储备人才。
通过多方面工作,绥蒙地区各族人民改造了旗县和区乡政权,开展了反奸清算、减租减息、增资、赎地斗争,努力发展生产、改善生活,进行土地改革，人民的政治地位得到提高,革命热情高涨,为夺取解放战争的胜利作了积极准备。
抗日战争胜利后,在中国的领导和支持下，内蒙古人民武装力量建立并慢慢地发展壮大。1946 年6 月，挑起的全面内战爆发，经过统一整编的内蒙古人民自卫军在东北战场和华北战场参加对敌作战，为保卫解放区、争取解放战争的胜利作出了重要贡献。
早在抗日战争胜利前召开的党的七大上,就提出要“成立维护群众利益的少数民族自己的军队”。1945 年 10 月 27 日，晋察冀中央局在给中央的工作报告和请示中明白准确地提出“发动人民建立自卫军”和“组织蒙民之自卫武装,积极予以帮助”。11月 23 日，晋察冀中央局在《目前对内蒙古政策的几个要点》中指出,要准备建立内蒙古人民自卫军,把改造旧军队和训练军事干部作为各盟旗军事工作的重要任务。27 日，内蒙古自治运动联合会在其工作方针中又提出要在军事上建立为人民服务的内蒙古人民自卫军。在中国的领导下,蒙古骑兵独立旅和内蒙古人民游击队先后建立并发展壮大。
蒙古骑兵独立旅是绥蒙地区一支重要的人民武装。1945 年 10月至 11月,在晋察冀军区、晋绥军区部队发动平绥战役期间,有三支地方武装举行起义、脱离阵营。新编第十路军第九师的部分官兵 1945 年 10 月下旬在察素齐起义,改编为内蒙古人民自卫军第二支队;新编第十路车伊克昭盟暂编保安师第二旅第一团的部分官兵11月上旬在包头起义,改编为内蒙古人民自卫军第三支队;陶林县保安团的全体官兵 11月中旬在集宁起义,改编为内蒙古人民自卫军第一支队。1945 年 12 月中旬,三个支队开赴集宁进行整训。此后不久,绥蒙军区和绥蒙政府以这三个支队和活动在大青山地区的蒙古游击队、绥东游击队、绥西游击队为基础,吸收一批农牧民和青年学生,派八路军老干部和从延安民族学院返回的部分蒙古族干部参加,组建了蒙古骑兵独立旅,下辖三个团,共 700 余人。李秀山任旅长,李森任副旅长，云麟任参谋长,寒峰任政治部主任,锐军任供给部主任,华林泰任第一团团长，杨德兴任第二团团长，林国梁任第三团团长。根据中国建军原则,独立旅建立了党的政治工作制度,成立了党支部,李森任书记、寒峰任副书记,在旅、团均建立了政治部,在连设置了政治指导员这是一支中国领导下的新型武装,归绥蒙军区指挥。
1946 年2月，蒙古骑兵独立旅划归内蒙古自治运动联合会领导,离开集宁、经察哈尔右翼前旗到张北县进行了一个多月的整训。3 月,蒙古骑兵独立旅在察哈尔盟开展武装斗争,在哈巴嘎和宝昌清剿了郭崇礼和白金辉两股规模较大的土匪武装,稳定了察哈尔盟的局势,为锡林郭勒盟、察哈尔盟地区自治运动的开展创造了有利条件。
内蒙古人民游击队是一支起义后加人人民阵营的革命武装。日本投降前夕,伪蒙古军第九师在师长乌勒吉敖喜尔的率领下于乌兰察布盟四子王旗宣布起义,与绥蒙政府和苏军建立了联系,不久开赴外蒙古进行了三个多月的集训。1946 年 1月,这支部队返回锡林郭勒盟苏尼特右旗,同晋察冀军区和内蒙古自治运动联合会取得了联系，乌兰夫、蔡树藩、曾涌泉、段苏权、乌勒吉敖喜尔和苏联驻晋察冀军区代表尼古拉也夫一同研究决定这支部队的番号为内蒙古人民游击队,乌勒吉敖喜尔任司令,关保扎布任政委，扎木舍楞任参谋长,受内蒙古自治运动联合会和晋察冀军区双重领导,由晋察冀军区察北七分区负责提供武器弹药和后勤供给。部队的主要任务是保卫晋察冀军区和苏蒙之间的运输线,即化德到二连浩特的交通孔道。此后,这支部队驻扎在苏尼特右旗南部地区，同内蒙古自治运动联合会乌兰察布盟分会和一些地方武装密切配合,清剿土匪,宣传、发动群众进行减租减息和参军参战。
内蒙古自治运动实现统一后,根据“四三”会议精神，由内蒙古自治运动联合会统一领导内蒙古地区的军事力量,处理内蒙古地区的建军和部队整编、训练、人事等问题。内蒙古地区解放区各武装部队统一改编为内蒙古人民自卫军,乌兰夫任司令员兼政治委员。
1946 年6月，内蒙古自治运动联合会下辖的两支部队进行了统编蒙古骑兵独立旅改编为内蒙古人民自卫军骑兵旅,李秀山任旅长,寒峰任政治部主任;内蒙古人民游击队改编为内蒙古人民自卫军第四支队，乌勒吉敖喜尔任支队长,关保扎布任政委。
抗日战争胜利后,在内蒙古东部地区的一些盟、旗陆续建立起一些地方武装，其中一些还与挺进东北地区的八路军、新四军建立了联系形成了东蒙古人民自治军的雏形。1946 年1月,东蒙古人民自治政府组建了东蒙古人民自治军。在东北民主联军西满军区的支持和帮助下，先后建立五个骑兵师。这支武装的建立和发展始终受到中国的关注、帮助和影响,后来顺利编入中国领导下的内蒙古人民自卫军。
1946 年5月25日东蒙古人民临时代表会议决定成立内蒙古人民自卫军兴安军区，阿思根任司令员，哈丰阿任政治委员。兴安军区成立后,即按照“四三”会议精神将东蒙古人民自治军改编为内蒙古人民自卫军兴安军区部队。6月,东蒙古人民自治军骑兵第一师、第二师、第四师、第五师、第六师分别改编为内蒙古人民自卫军骑兵第一师、第二师、第四师、第五师、第六师,莫德勒图任第一师师长、胡秉权任第一师政委,那钦双合尔任第二师师长、赵石任第二师政委,和子章任第四师师长、乌力吉那仁任第四师政委,鄂嫩日图任第五师师长、朱子休任第五师政委,登登泰任第六师师长、王化一任第六师政委。7月，内蒙古人民自卫军骑兵第六师又改编为呼伦贝尔地方自治军,登登泰任司令员、钢苏和任政委。部队整编后,根据军事斗争需要，内蒙古人民自卫军兴安军区与东北民主联军辽吉军区组成了联合司令部,邓华任司令员、陶铸任政委、阿思根任副司令员,统一指挥兴安盟、哲里木盟的对敌斗争。
1946年8 月，八路军晋察冀、晋绥部队围攻大同,发起大同一集宁战役,东北挺进军马占山部先遣第一旅在海福龙率领下,于 8 月11 日在阳高县宣布起义。、朱德电贺勉励。这支以蒙古族官兵为主的部队起义后划归内蒙古自治运动联合会领导,经过整训后编为内蒙古人民自卫军第五支队并建立了政治工作制度,海福龙任司令员。
1946 年 6 月，发动全面内战后,内蒙古地区的哲里木盟、伊克昭盟、卓索图盟、锡林郭勒盟、察哈尔盟、巴彦塔拉盟和乌兰察布盟等地都遭到了军的进攻。在东北地区，军在占领锦州、沈阳、长春等城市后向内蒙古东部地区的解放区进犯;在锡、察、巴、乌地区，军向绥蒙解放区和锡察解放区不断进犯。在严峻的形势下内蒙古中、东部地区一些新改编的部队中发生了叛乱,一些盟旗的部分封建上层、大地主也伺机发动暴乱,在军的支持下袭击民主政府、建立反动政权,企图建立“联防”体系,袭扰、破坏解放区。面对敌强我弱的形势,内蒙古人民自卫军和党领导的其他解放区部队紧紧依靠广大人民群众,密切配合、奋起反击、英勇战斗,粉碎了敌人以军事进攻破坏、占领解放区的图谋。
在内蒙古东部地区，内蒙古人民自卫军兴安军区所属部队在广大农村、牧区开展游击战争,一面顽强抵御军进犯,一面清剿土匪和平息反革命叛乱。1946 年 10 月,骑兵第一师部队从王爷庙北上,平息了兴安盟北部索伦县发生的叛乱。1946 年底至 1947 年初,骑兵第一师第二师部队在兴安军区指挥下在哲里木盟展开了自卫战争，与东北民主联军协同作战,击垮了苏和巴特尔、格瓦拉喜匪帮,收复了哲里木盟重镇舍伯吐。1947 年 1月,骑兵第一师、第二师与辽吉军区第五分区部队组成蒙汉联军，配合东北民主联军发动的“三下江南、四保临江”战役行动,连续向占据哲里木盟和毗邻地区部分城镇的军及叛匪发动进攻,相继收复开鲁、吉尔嘎朗等地,全歼“热河蒙旗自卫军”等反动武装,给军以沉重打击,逐步控制了哲里木盟的大部分地区卓索图盟纵队和昭乌达盟蒙汉联军是解放战争时期中国在内蒙古东部地区领导建立的两支重要的人民武装。1946 年9月8日以喀喇沁左旗、敖汉旗等地的地方武装为基础的内蒙古人民自卫军卓索图盟纵队在赤峰组建,白云航任司令员,孔飞任副司令员，乌兰任政治部副主任。卓索图盟纵队建立后，积极开展游击战争,抗击军的进攻,清剿土匪,保护交通,并着手开辟翁敖(翁牛特和敖汉)沙漠地区的工作。10 月中旬,昭乌达盟蒙汉联军在林东成立,俞楚杰任司令员,和子章任副司令员，乌力吉那仁任副政委。昭乌达盟蒙汉联军建立后,迅速投入到保卫解放区的斗争中，1947 年初击退进攻天山城的军,取得了天山保卫战的胜利。在锡林郭勒、察哈尔、巴彦塔拉和乌兰察布地区,面对军的疯狂进攻，解放区军民在中国的领导下奋起自卫。1946 年8月上旬,为打破军对晋绥、晋察冀解放区的分割,根据中央指示，晋绥军区部队和晋察冀军区部队发起了大同——集宁战役。战役期间，傅作义部以平绥铁路为轴线,分南、中、北三路向集宁进犯，企图一举攻克集宁、南援大同。9月 5日，傅作义部三路增援部队出动。北路部队由陶林向集宁正西方向进攻,南路部队由归绥向凉城方向进攻，中路主攻部队由归绥附近地区沿平绥路北侧山地东犯卓资山。晋绥军区部队、晋察冀军区部队主力在集宁城下包围了傅作义部三个师,激战数日,将三个师打至不成建制。傅作义急调第一O一师、新编第三十二师、新编骑兵第四师增援。敌我兵力悬殊,形势转为不利,晋绥和晋察冀军区部队主动撤离集宁。这次战役,毙伤敌军 3370余人、俘敌 530余人。
1946 年 10月，内蒙古自治运动联合会机关北移至锡林郭勒盟贝子庙。11月7日,联合会在贝子庙召开第六次执行委员会会议,根据全面内战爆发后的形势,对锡、察、巴、乌地区的军事斗争和地方工作进行了统一部署,决定对部队进行进一步整编并组织并且开展自卫战争。根据会议精神，内蒙古人民自卫军第四支队改编为内蒙古人民自卫军骑兵第十一师,乌勒吉敖喜尔任师长,关保扎布任政委，毕力格巴图尔任副政委，归巴乌军区指挥。内蒙古人民自卫军骑兵旅改编为内蒙古人民自卫军骑兵第十六师，李秀山任师长,王铎任政委,刘景平任副政委,寒峰任政治部主任，以锡林郭勒盟、察哈尔盟为防区。内蒙古人民自卫军第五支队改编为内蒙古人民自卫军骑兵第十七师,海福龙任师长,归巴乌军区指挥。面对军的进攻,内蒙古人民自卫军骑兵第十一师、第十六师在党的领导下，与兄弟部队密切配合,不畏艰难、奋勇作战。从1946 年 11 月到1947 年 11 月,两师部队分别参加了哈巴嘎争夺战、赛汗淖尔保卫战、平定堡战斗和反击军傅作义部进攻的战斗等，1948 年1月1日，内蒙古人民自卫军改称内蒙古人民后,内蒙古人民骑兵第十一师、第十六师又于 1948 年1月至4 月参加了陶高图庙战斗和解放多伦的战斗，给军和反动地方武装以沉重打击，成功挫败了军破坏锡察解放区的图谋,使锡察解放区成为解放战争中华北战场的重要后方。
抗日战争胜利后，内蒙古西部地区的大部分区域被占据,伊克昭盟大部分地区处于的统治之下,但伊克昭盟所属鄂托克旗和乌审旗南部地区在中国领导下较早获得解放,不仅有较为健全的党组织而且还建立了人民武装,各项工作也已开展起来,与统治区形成了对峙局面。除此之外,党组织也和当地一些蒙古族上层人士建立了良好关系，中国在伊克昭盟领导革命斗争拥有较为坚实的工作基础和许多便利条件。
面对抗日战争胜利后的复杂局面,中央西北局对伊克昭盟的工作作出了一系列部署。1945 年 12 月 6 日，西北局向伊盟工委领导人赵通儒等发出《对伊盟工作方针的指示电》,明确了党在伊克昭盟的总体工作方针，指出“目前形势已渐趋有利开展伊蒙工作,将来或可发展得更为有利,但其方针第一步应努力做到蒙人与我亲善并友好共处,第二步始可由建立工作再渐次争取伊蒙自治,任何急性与企求一下成功的办法都是极不稳妥的方针”。不久,西北局又向伊盟工委书记赵通儒发出《关于伊盟争取团结蒙人进步势力问题的指示》,强调“对蒙人中的进步势力应求实际掌握,不要强求形式”。1946 年1月至2月间,西北局围绕鄂托克旗的工作连续发电,就执行统战政策、做好统战工作、加强蒙古族内部团结等事宜作了具体指示,特别强调做蒙古族代表人士工作要谨慎、以防被特务利用。
1946年2月21日，中央西北局召开会议专门研究伊克昭盟工作,赵通儒等参加。会议进一步明确了在伊克昭盟的工作方针,提出:“广泛开展上层与下层的统一战线,团结蒙人,巩固和平,统一内部,推动民族自治地方自治运动,反对民族压迫政策。蒙古民族内部矛盾,决不应提在对民族压迫的矛盾之上,而应团结内部,一致反对统治。伊盟是需要而且应该走向民主的,但其内部的民主改革问题，应在群众发动起来;取得民族自治中,适当的提出逐渐解决在对统治这一个大矛盾未解决前,内部矛盾应服从之。就是蒙占封建王公贵族在对反动派来说,还是中间分子,还应争取团结的”。会议还提出，伊盟工作要为蒙古族群众服务,帮他们发展经济与他们通商互换生活必需品,鼓励他们发展生产,开办医院、学校。会议还强调，伊盟工作不可能完全顺利无阻,还会遇到很多新问题,要警惕、谨慎，避免粗心大意或鲁莽从事。会议决定单独设立伊盟工委，不再与三边地委合并设立,受中央西北局直接领导,赵通儒任书记,曹步诚、曹动之、高增培、田万生、孙润华、黎光、刘长汉为委员。
根据中央西北局的指示精神,伊盟工委及下辖的乌审旗工委鄂托克旗工委加强了武装力量建设和政权建设。在伊盟南部的解放区，组建了阿尔宾巴雅尔领导的西乌审保安队、金汉文等人领导的鄂托克旗保安第四营、马富纲和马良诚等人领导的鄂托克旗起义部队三支武装,建立了伊盟工委和鄂、乌两旗工委的三支警卫队,在一些区、乡、村也建立了基层人民政权，准备开展武装斗争。
1946 年 6 月,全面内战爆发,集结重兵准备进攻陕甘宁解放区。8月 22 日,主持召开西北局会议,对伊盟工作作出了阶段性总结和战略性部署,制定了建立党组织、发动群众、联合蒙古族各阶层开展武装斗争的工作方针。会议指出:“伊盟情况,如各地一样,群众要起来反对。我们方针是发动与领导群众武装起义,到处点火.对已起来的采取积极办法，派干部去支持和领导之。发动与组织广泛的反蒋傅的统一战线。蒙汉联合,王公平民联合,驱逐傅作义”，“配合全国局势,到处点火。开始我们帮助干部,也能够在一定程度上帮助一部经费,弹械必要时帮助少数武装部队,再搞大时再研究派出部队配合。我们目的是以群众武装起义，发展到使伊盟脱离傅作义,获的自治”。
1946 年秋，陕甘宁晋绥联防军发动了扫清边区北线外围之敌的榆横战役。伊盟工委配合作战,组成北线东进指挥部,赵通儒任总指挥。10月 24 日，由于缺乏警惕,赵通儒等 13名干部战士在乌拉尔林被敌人诱捕,伊盟党组织遭受严重损失，是为乌拉尔林事件。乌拉尔林事件后，中央西北局于 1946 年11月任命高增培代理伊盟工委书记决定将伊盟工委划归三边地委领导,下辖乌审旗工委和鄂托克旗工委。1947年1月17日,为便于对宁夏和伊盟两地工作的统一领导,西北局决定将宁夏工委和伊克昭盟工委合并为宁绥工委，三边地委副书记朱敏兼任工委书记。2月初,宁绥工委决定将伊盟工委分为伊西工委和伊东工委。不久，伊西工委和伊东工委再次合并,在靖边组成新的伊盟工委、高增培任书记。
1947年3月，军胡宗南部23 万人向陕北地区发动重点进攻。3月18 日,党中央机关主动撤离延安，开始转战陕北。4月，军马鸿逵部在伊盟地区武装的配合下，大举进犯三边地区和伊盟南部解放区。为适应战争形势、统一伊盟的革命武装力量,5月，经中央西北局和陕甘宁晋绥联防军批准，三边军分区和伊盟工委对伊盟南部解放区的革命武装进行整编,组建了由 300 余名骑兵组成的师级建制的伊盟蒙汉支队，阿尔宾巴雅尔任司令员、高增培任政委，下辖两个大队,受三边军分区和伊盟工委双重领导。蒙汉支队建立后,奉命驻守在靖边县张家畔一带。
撤离延安后,、周恩来、任弼时率中央机关继续留在陕北，指挥全国各战场的作战。1947年4月5日中央机关转移到靖边县青阳岔,4月 13日转移到王家湾在此停留 50余天。为防止侵入三边地区的马鸿逵部威胁党中央机关,西北野战兵团向三边分区下达命令,要求动员所有地方武装,不顾一切代价，坚决堵住来自北线的敌人保卫中央机关的安全。伊盟蒙汉支队同三边军分区部队一起执行了保卫中央机关的光荣任务。5 月 20 日,马鸿部骑兵第二十旅和地方武装 600 余人进犯无定河支流芦河的中心渡口张家畔驻守张家畔的蒙汉支队官兵坚定顽强,击退了军的多次进攻,并乘胜主动出击，从侧翼包抄，军腹背受敌、仓皇溃逃。芦河阻击战取得了胜利,蒙汉支队完成了保卫中央机关北线月,西北野战兵团在青化、羊马河、蟠龙镇、沙家店战役中沉重打击了军胡宗南部。1947 年5月下旬西北野战兵团主力西出陇东,痛打军马鸿逵、马步芳部,旋即挥师北上于7月上旬攻克了盐池和三边等地。经过一系列的作战,粉碎了企图摧毁中央和人民首脑机关、将西北野战兵团歼灭或赶到黄河以东的狂妄图谋,稳定了陕北地区的战局。
1947年7月3日，伊盟工委在宁条梁召开会议,决定乘势率领蒙汉支队重返伊盟,收复失地,扩充队伍。7月4日,蒙汉支队收复了城川7月中旬,鄂托克旗、乌审旗的地方反动武装联合向城川反扑,蒙汉支队在西北野战军部队的支援下击退了敌军,保卫了城川。7月下旬,蒙汉支队东进乌审旗,将东乌审反动王爷奇玉山部驱逐出红柳河以南地区。至此，原伊克昭盟南部的解放区大部分被收复,解放区的民主政权建设、战勤、镇反、救治灾害、发展生产等工作也在伊盟工委的领导下开始恢复。
为加强对蒙汉支队的领导,1947年8月,经三边军分区司令部同意，伊盟工委增设军事部,韩是今任部长、高平任副部长。军事部成立后,统一了部队指挥权,建立了各项制度,提高了部队的军事、政治素质。11 月底,蒙汉支队先后转移到靖边县、吴起镇,开展了以“诉苦”和“三查”为主要内容的整军运动,使部队的气象焕然一新，战斗力显著提升。1948 年1月26 日,蒙汉支队改编为伊盟自治支队，阿尔宾巴雅尔任支队长，周仁山任政委,马良诚任参谋长,马富纲任副支队长，支队下辖三个大队,共有 500 余骑兵。改编后,部队中建立了政治工作制度。
1948年3月，自治支队第一大队和第二大队开赴伊克昭盟东部的准格尔旗、达拉特旗等地,开辟伊盟东部解放区,第三大队在伊克昭盟西部地区坚持游击战争。4 月，自治支队第一大队和第二大队配合陕甘宁晋绥联防军警备第一旅,解放了准格尔旗神山,消灭了军伊克昭盟第一警备军的警备师大部,俘获少将警备司令奇涌泉和少将参谋长陈有明。神山解放后,伊盟工委和自治支队司令部发布了《伊盟支队司令部第一号布告》和《对伊盟蒋管区蒙汉人民的口号》,宣传党的“实行民族平等与民族自治”“保护牧场、禁止开垦”等政策,发布在全国各战场的胜利消息，号召蒙汉人民团结起来建立反对蒋介石的统一战线。为稳定伊克昭盟东部地区的社会秩序,部队大力开展剿匪斗争和地方政权建设,先后歼灭了流窜于各旗之间的数十股土匪和“民团”,建立了准格尔旗委员会和准格尔旗自治政务委员会及各区、乡基层人民政府,组建了准格尔旗步兵第一团。到 1948 年8 月,第一大队和第二大队已解放了准格尔旗黄河以南的11个区，并向达拉特旗、郡王旗和东胜县等地继续扩展。部队还以缴获的粮食、物资救济遭受严重旱灾的各族群众.帮助农牧民开展生产自救。
1948 年6月,中央西北局决定伊盟工委再次分为伊东工委和伊西工委。伊东工委由高增培任书记,受西北局领导，负责开展准格尔旗、札萨克旗、郡王旗、达拉特旗和东胜县等地的工作;伊西工委由周仁山任书记,受宁绥工委领导,负责开展乌审旗、鄂托克旗、杭锦旗等地的工作。在伊东工委的领导下,东(东胜县)郡(郡王旗)工委成立，东郡工委派出武工队到郡王旗、札萨克旗等地开展工作，发动群众，组织农会、蒙古自治分会，宣传党的民族政策,争取了部分蒙古王公、仕官及地方武装首领的支持。在伊西工委的领导下,第三大队依托鄂托克旗、乌审旗的解放区,先后建立了 7个区级基层政权。伊克昭盟革命斗争形势的发展为实现内蒙古西部地区解放打下了坚实的基础。
